也可能存在差异。有些链接更直接,如诱导凋亡,有些则需要间接扰动其他通路,如恢复免疫可见度,有些则需要物理性破坏异常蛋白本身,如促进自噬。
这个想法需要验证,而且需要极度精密的验证,它涉及对癌细胞最根本生存逻辑的干预。
第二天,杨平的目光投向样本库几个特别的样本。
那是几种已知具有极高自发消退率极其罕见的肿瘤类型,包括某些神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和黑色素瘤。如果他的猜想有道理,这些肿瘤的TIM系统或许存在某种“不稳定性”或与清除程序的“链接敏感性”。
“唐顺,”杨平接通了电话,“筛选所有样本中,TIM表达水平波动性大、或与凋亡相关基因表达存在显着负相关的案例。特别关注那几种有自发消退报道的肿瘤类型。我要它们的单细胞转录组和表面蛋白组联合分析数据,越精细越好。”
“另外,”他补充道,“通知陆小路和宋子墨,暂停所有新样本的泛筛,集中所有高分辨率结构解析资源,给我深度剖析三个主要目标:儿童软组织肉瘤那个高效诱导凋亡的TIM结构,尤其是其跨膜区和胞内短尾的构象;黑色素瘤那个能恢复免疫敏感性的TIM变体,重点分析其与MHC-I类分子或干扰素信号通路成分的潜在临近关系;PAC-FUS1耐药变体上被增强型K因子攻击后发生自噬清除的关键表位。我们要找到TIM结构上,那些真正致命的弱点或开关区域。”
很快,初步结果开始浮现。
在具有自发消退潜力的肿瘤样本中,唐顺的团队确实发现了一些有趣的模式:它们的TIM表达往往不那么稳定,在同一肿瘤的不同区域甚至不同细胞间存在异质性,且某些TIM亚型与一整套被称为“细胞命运检查点”的基因,包括一些促凋亡因子的预备元件,在表达上存在微妙的此消彼长关系。单细胞数据揭示,那些TIM表达最低或呈现非典型构象的癌细胞,往往也显示出更高的应激状态和更倾向于分化或静默的转录谱。
陆小路那边取得了突破。对儿童肉瘤TIM的高分辨率结构显示,其胞内短尾以一种独特的角度折叠,与线粒体外膜上的一个参与某种非经典凋亡启动的蛋白在空间上异常接近。分子动力学模拟提示,当K因子紧密结合TIM的胞外部分时,可能通过全长的构象传递,牵拉这个短尾,使其与线粒体蛋白的接触概率大增,从而物理性地撬动了凋亡开关。
黑色素瘤的TIM变体结构则揭示,其某个特定的糖基化修饰环,恰好位于与细胞表面MHC-I类分子装载肽段沟槽的邻近位置。当这个环被K因子占据或诱导变构后,可能影响了附
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